Dépendances R et reproductibilité

Packages probablement utiles

packages <- c(
  "tidyverse",
  "quarto",
  "knitr",
  "rmarkdown",
  "renv",
  "here",
  "fs",
  "usethis",
  "gitcreds",
  "gert",
  "ggplot2",
  "dplyr",
  "tidyr",
  "readr",
  "purrr",
  "tidymodels",
  "shiny",
  "bslib",
  "profvis",
  "future",
  "promises",
  "furrr",
  "testthat",
  "devtools",
  "roxygen2"
)

Initialiser renv

renv::init()

Restaurer un environnement

renv::restore()

Selon la documentation de renv, renv::restore() compare les packages du fichier renv.lock avec ceux de la bibliothèque du projet et installe les versions requises lorsque nécessaire.

Mettre à jour le fichier renv.lock

renv::snapshot()

Rendre le site localement

quarto render

Prévisualiser le site

quarto preview

Bonnes pratiques

• Ne pas versionner .Rproj.user, .Rhistory, .RData, ni les secrets.
• Documenter les packages nécessaires.
• Utiliser des chemins relatifs.
• Documenter les variables d’environnement sans exposer les clés.
• Conserver les fichiers .env hors Git.
• Vérifier le rendu sur une machine propre avant une remise importante.