Installation et vérification technique

Installer et vérifier R, RStudio ou Positron, Git, Quarto, GitHub et SSH

Cette page sert avant la première séance et lorsqu’un outil manque pendant le laboratoire. Il n’est pas nécessaire de tout réinstaller si les vérifications réussissent.

Environnement requis

Élément Exigence du cours
R Installation locale fonctionnelle
Interface Positron ou RStudio; les deux sont acceptés
Git Installation locale reconnue dans le terminal et dans l’interface choisie
Quarto Commande quarto fonctionnelle
GitHub Compte actif correspondant au nom d’utilisateur communiqué à l’équipe enseignante
SSH Connexion à GitHub configurée lorsque l’environnement le permet
Package R de départ tidyverse

Ordre recommandé: R, interface, Git, Quarto, compte GitHub, SSH, puis packages R.

1. Installer R

R doit être installé avant RStudio ou Positron. Utiliser exclusivement un installateur officiel du Comprehensive R Archive Network.

Windows

  1. Ouvrir R pour Windows.
  2. Télécharger l’installateur de la version courante de R.
  3. Exécuter le fichier .exe et conserver les options d’installation ordinaires.
  4. Fermer et rouvrir le terminal ainsi que l’interface de programmation.

macOS

  1. Ouvrir R pour macOS.
  2. Choisir le fichier correspondant au processeur du Mac: Apple Silicon arm64 ou Intel x86_64.
  3. Ouvrir le fichier .pkg et suivre l’assistant d’installation.
  4. Fermer et rouvrir le terminal ainsi que l’interface de programmation.

Pour connaître le processeur, ouvrir le menu Apple, puis « À propos de ce Mac ».

Linux

Ouvrir R pour Linux, choisir la distribution utilisée et suivre les commandes officielles correspondantes. Les commandes diffèrent entre Ubuntu, Debian, Fedora, Red Hat et les autres distributions.

Vérifier R

Dans RStudio ou Positron, exécuter:

R.version.string

Dans un terminal, essayer également:

R --version

Sous Windows, il est possible que R fonctionne dans RStudio ou Positron sans que la commande R soit immédiatement disponible dans tous les terminaux. Dans ce cas, conserver le résultat de R.version.string et signaler le problème de chemin au lieu de réinstaller R sans diagnostic.

2. Installer Positron ou RStudio

Une seule interface suffit. Les deux peuvent être installées sur le même ordinateur.

Option A: Positron

  1. Ouvrir la page officielle de téléchargement de Positron.
  2. Choisir l’installateur correspondant au système et au processeur.
  3. Installer puis ouvrir Positron.
  4. Vérifier que l’interpréteur R sélectionné correspond à l’installation de R.

Option B: RStudio Desktop

  1. Ouvrir la page officielle de téléchargement de RStudio Desktop.
  2. Choisir l’édition gratuite de RStudio Desktop et l’installateur correspondant au système.
  3. Installer puis ouvrir RStudio.
  4. Exécuter R.version.string dans la console.

RStudio et Positron sont des interfaces. Leur installation ne remplace pas l’installation de R.

3. Installer Git

  1. Ouvrir la page officielle d’installation de Git.
  2. Choisir Windows, macOS ou Linux.
  3. Suivre la procédure proposée pour le système utilisé.
  4. Sous Windows, l’installation standard de Git for Windows fournit aussi Git Bash.
  5. Fermer et rouvrir le terminal, RStudio ou Positron.

Vérifier dans un terminal:

git --version

Vérifier ensuite que l’interface choisie reconnaît Git:

  • RStudio: l’onglet Git apparaît lorsqu’un projet Git est ouvert;
  • Positron: la vue Source Control affiche l’état du dépôt cloné.

Ne pas utiliser Initialize Repository pour le portfolio du cours. Le portfolio est déjà un dépôt Git et doit être cloné depuis GitHub.

4. Installer Quarto

Positron et certaines versions de RStudio peuvent déjà fournir une intégration de Quarto. Il faut néanmoins vérifier la commande avant de conclure qu’une installation séparée est nécessaire.

Dans un terminal:

quarto --version
quarto check

Si la commande n’est pas trouvée:

  1. ouvrir la page officielle d’installation de Quarto;
  2. télécharger l’installateur Windows, macOS ou Linux;
  3. exécuter l’installateur;
  4. fermer et rouvrir le terminal ainsi que l’interface;
  5. relancer quarto --version et quarto check.

5. Préparer le compte GitHub

  1. Créer un compte sur GitHub si nécessaire.
  2. Vérifier l’adresse de courriel du compte.
  3. Activer une méthode d’authentification à deux facteurs lorsque GitHub la demande.
  4. Communiquer à l’équipe enseignante le nom d’utilisateur GitHub exact.
  5. Accepter l’invitation au dépôt portfolio-stt4230-IDUL ou portfolio-stt6230-IDUL, selon le sigle d’inscription.

L’IDUL et le nom d’utilisateur GitHub ne sont pas nécessairement identiques. Ne pas créer un deuxième compte pour contourner une erreur d’attribution.

6. Configurer SSH pour GitHub

Avant de créer une clé, vérifier si une clé existe déjà:

ls -al ~/.ssh

Ne pas écraser une clé existante sans comprendre son usage. Si aucune clé appropriée n’existe, suivre la documentation GitHub pour générer une clé SSH et l’ajouter à l’agent.

La commande de création recommandée par GitHub est:

ssh-keygen -t ed25519 -C "VOTRE-COURRIEL-GITHUB"

Choisir une phrase secrète et conserver l’emplacement proposé, sauf si une autre clé utilise déjà ce nom.

Ajouter ensuite la clé publique au compte GitHub en suivant Connecting to GitHub with SSH:

  1. afficher ou copier le contenu du fichier qui se termine par .pub;
  2. ouvrir les paramètres GitHub;
  3. choisir SSH and GPG keys;
  4. choisir New SSH key;
  5. coller uniquement la clé publique.

Ne jamais transmettre ni copier le fichier de clé privée. Le fichier public se termine normalement par .pub.

Tester la connexion:

ssh -T git@github.com

Lors de la première connexion, vérifier que l’hôte demandé est bien github.com avant d’accepter son empreinte. Un test réussi authentifie le compte, même si GitHub précise qu’il ne fournit pas d’accès shell interactif.

7. Installer le package R de départ

Dans la console R:

install.packages("tidyverse")
library(tidyverse)

La première commande n’est nécessaire que si le package n’est pas déjà installé. Les autres packages seront ajoutés lorsqu’ils deviendront utiles. Ne pas installer une longue liste de packages sans consigne.

Vérification technique complète

Dans un terminal:

git --version
quarto --version
quarto check
ssh -T git@github.com

Dans RStudio ou Positron:

R.version.string
Sys.which(c("git", "quarto", "ssh"))
library(tidyverse)
Vérification Résultat attendu
R.version.string Une version de R est affichée
git --version Une version de Git est affichée
quarto --version Une version de Quarto est affichée
quarto check L’installation principale de Quarto est indiquée comme fonctionnelle
ssh -T git@github.com Le compte GitHub est authentifié
library(tidyverse) Le package se charge sans erreur

La vérification du dépôt attribué se poursuit ensuite dans le laboratoire 1.

Si une vérification échoue

  1. Ne pas tout réinstaller immédiatement.
  2. Identifier la première commande qui échoue.
  3. Copier le message d’erreur complet.
  4. Noter le système, l’interface utilisée et la commande exécutée.
  5. Fermer et rouvrir le terminal après une installation.
  6. Relancer uniquement la vérification concernée.
  7. Consulter la page Soutien technique ou demander de l’aide avec ces informations.

Sources officielles

GPT du cours