Aide-mémoire - Cloner un projet GitHub dans RStudio

Préparation

Vous devez avoir installé :

  • R
  • RStudio
  • Git, vérifiable avec git --version dans le terminal
  • Un compte GitHub

Il est recommandé de lier RStudio à votre compte GitHub avec une clé SSH. N’utilisez jamais votre mot de passe GitHub directement comme méthode d’authentification.

Trouver le lien du projet GitHub

  1. Allez sur la page du dépôt GitHub que vous voulez cloner.
  2. Cliquez sur le bouton vert <> Code.
  3. Choisissez l’onglet SSH ou HTTPS, puis copiez le lien affiché.

Exemples :

  • SSH : git@github.com:NomUtilisateur/nom-du-projet.git
  • HTTPS : https://github.com/NomUtilisateur/nom-du-projet.git

Cloner dans RStudio

  1. Ouvrez RStudio.
  2. Allez dans File > New Project.
  3. Choisissez Version Control.
  4. Sélectionnez Git.
  5. Collez le lien copié dans le champ Repository URL.
  6. Choisissez un dossier local pour enregistrer le projet.
  7. Cliquez sur Create Project.

Vous pouvez ensuite commencer à travailler dans votre nouveau projet RStudio.

Erreur d’authentification GitHub

Si vous obtenez une erreur comme celle-ci :

fatal: Authentication failed
remote: Support for password authentication was removed...

Cela signifie généralement que vous avez utilisé HTTPS sans jeton personnel ou sans configuration d’authentification adéquate.

Deux solutions sont possibles :

  • Générer un jeton d’accès personnel (PAT) sur GitHub, puis l’utiliser comme mot de passe.
  • Configurer SSH, ce qui est plus simple et plus robuste à long terme.

Configurer SSH avec GitHub

# 1. Générer une clé SSH si nécessaire
ssh-keygen -t ed25519 -C "votre-email@example.com"

# 2. Ajouter la clé SSH à l'agent
eval "$(ssh-agent -s)"
ssh-add ~/.ssh/id_ed25519

# 3. Copier la clé publique
cat ~/.ssh/id_ed25519.pub

Collez ensuite cette clé dans GitHub > Settings > SSH and GPG keys > New SSH key.

Documentation : https://docs.github.com/en/authentication/connecting-to-github-with-ssh

Ressources utiles