Bibliothèque R

Packages utilisés dans le cours

Cette page rassemble les packages R utilisés ou mentionnés dans les notes, exercices, aventures et scripts. Elle sert à comprendre à quoi sert chaque package et dans quels modules il revient.

Démarrer Bloc de départ Choisir Dépanner Par module Bases de données

01

Installer une fois

02

Charger au début

03

Appeler précisément

04

Rendre après redémarrage

Réflexe de travail

Paquets de départ

Un package n'est pas seulement une ligne de code à copier: c'est une dépendance de votre document. Le bon réflexe est de distinguer installation, chargement et appel précis d'une fonction.

1

Installer une fois

install.packages("nom_du_package") installe le package sur votre ordinateur.

2

Charger au début

library(tidyverse) rend les fonctions disponibles dans la session R active.

3

Appeler précisément

readr::read_csv() utilise une fonction sans charger tout le package.

4

Vérifier le rendu

Un document Quarto doit charger tous les packages dont il dépend dans le fichier lui-même.

Rapport reproductible

Où écrire les packages?

La règle simple: installer dans la Console quand c'est nécessaire, charger dans le document Quarto, puis rendre le document après un redémarrage de R. Une remise doit pouvoir être reconstruite sans objets cachés dans l'environnement.

# Début d'un document .qmd
library(tidyverse)
library(readxl)

meteo <- UlavalSSD::MeteoQuebec

Console

Utiliser install.packages() ou une consigne d'installation GitHub quand le package n'est pas encore installé.

Document Quarto

Mettre les library() nécessaires dans le fichier .qmd, idéalement au début du document.

Fonction rare

Utiliser package::fonction() quand une seule fonction est nécessaire ou quand un nom peut entrer en conflit.

Remise

Relancer R, rendre le document, puis vérifier que toutes les dépendances sont visibles dans le fichier remis.

Choisir l'outil

Quel package pour quelle tâche?

Les modules reviennent souvent aux mêmes familles de tâches. Cette carte aide à choisir rapidement le bon outil avant d'aller chercher la documentation détaillée.

Importer

readr, readxl, jsonlite, haven

Transformer

dplyr, tidyr, stringr, forcats, lubridate

Visualiser

ggplot2, patchwork, scales, viridis, ggcorrplot

Pratiquer avec des données

UlavalSSD, palmerpenguins, nycflights23, gapminder, Lahman

Collecter sur le web

rvest, robotstxt, purrr, stringr

Texte et tableaux de bord

tidytext, stopwords, plotly, flexdashboard, shiny

Dépannage

Quand R ne trouve pas un package ou une fonction

La plupart des erreurs de packages viennent d'une des quatre situations ci-dessous.

Package introuvable

Installer le package, puis relancer le document. L'installation se fait une fois par ordinateur.

Fonction introuvable

Charger le package avec library() ou appeler la fonction avec package::fonction().

Conflit de noms

Utiliser l'appel explicite, par exemple dplyr::filter(), pour indiquer à R quelle fonction choisir.

Rendu Quarto qui échoue

Ajouter les library() nécessaires dans le fichier .qmd, pas seulement dans la Console.

Par module

Les paquets listés ici sont ceux qui reviennent explicitement dans les activités du module. Certains servent d’outils de travail, d’autres fournissent surtout des jeux de données pour pratiquer.

Module 01

tidyverse dplyr knitr remotes UlavalSSD

Module 02

tidyverse palmerpenguins UlavalSSD readxl ggplot2 patchwork

Module 03

tidyverse stringr forcats palmerpenguins titanic UlavalSSD ggplot2 tidygeocoder viridis scales

Module 04

readr readxl dplyr tidyr jsonlite janitor stringr forcats tibble ggplot2 messy

Module 05

tidyverse lubridate dplyr ggplot2

Module 06

tidyverse nycflights23 dplyr readr ggplot2

Module 07

tidyverse ggplot2 dplyr readr lubridate scales

Module 08

tidyverse rvest purrr dplyr stringr robotstxt

Module 09

tidyverse dplyr ggplot2 readr tibble

Module 10

tidyverse tidytext readr stringr dplyr tibble ggplot2 stopwords tidyr forcats wordcloud wordcloud2 ggwordcloud plotly flexdashboard shiny

Bibliothèque de packages

La bibliothèque complète sert à retrouver la documentation. Les cartes avec un logo sont les packages centraux du cours; les autres cartes utilisent les initiales du package.

BAB

babynames

Données de prénoms utilisées pour pratiquer les jointures et les résumés. Documentation externe COU

countrycode

Codes et correspondances de pays pour enrichir des données internationales. Documentation externe

dplyr

Manipulation de tableaux avec des verbes comme filter, select, mutate et summarise. Documentation externe FIV

fivethirtyeight

Jeux de données de démonstration issus d’articles et d’exemples publics. Documentation externe FLE

flexdashboard

Création de tableaux de bord HTML avec R Markdown. Documentation externe FOR

forcats

Manipulation de facteurs et d’ordres de catégories. Documentation externe GAP

gapminder

Données pays-années utilisées pour pratiquer les jointures et les regroupements. Documentation externe GGC

ggcorrplot

Visualisation de matrices de corrélation. Documentation externe

ggplot2

Visualisation statistique avec la grammaire des graphiques. Documentation externe GGP

ggplot2movies

Jeu de données de films pour pratiquer les jointures et les comparaisons. Documentation externe GGW

ggwordcloud

Option mentionnée pour créer des nuages de mots avec ggplot2. Documentation externe HAV

haven

Importation de fichiers statistiques SPSS, Stata et SAS quand un jeu externe n’est pas en CSV ou Excel. Documentation externe JAN

janitor

Nettoyage de noms de colonnes et diagnostics rapides de tableaux. Documentation externe JSO

jsonlite

Lecture et transformation de fichiers JSON. Documentation externe KNI

knitr

Exécution de blocs de code et production de sorties dans les documents Quarto. Documentation externe LAH

Lahman

Tables de baseball utilisées pour pratiquer les jointures. Documentation externe LEA

leaflet

Cartes interactives utilisées pour discuter des risques de localisation individuelle. Documentation externe LUB

lubridate

Manipulation de dates, mois, années et variables temporelles. Documentation externe MES

messy

Package utilisé dans un script de préparation de données du module 04. Documentation externe NYC

nycflights23

Tables de vols, transporteurs, aéroports et météo de New York en 2023. Documentation externe PAL

palmerpenguins

Jeux de données sur les manchots pour l’exploration, les graphiques et les jointures. Documentation externe PAT

patchwork

Assemblage de plusieurs graphiques ggplot2. Documentation externe PLO

plotly

Visualisation interactive mentionnée pour le tableau de bord du module 10. Documentation externe PUR

purrr

Itération fonctionnelle et traitement de listes. Documentation externe REA

readr

Importation de fichiers CSV et textes délimités. Documentation externe REA

readxl

Importation de fichiers Excel. Documentation externe REM

remotes

Installation de packages depuis GitHub ou d’autres sources de développement. Documentation externe ROB

robotstxt

Vérification programmatique des consignes robots.txt avant une collecte automatisée. Documentation externe RVE

rvest

Extraction de données depuis des pages HTML. Documentation externe SCA

scales

Étiquettes, formats et échelles pour graphiques. Documentation externe SHI

shiny

Applications et composants interactifs en R. Documentation externe SKI

skimr

Résumé rapide de la structure et des variables d’un tableau. Documentation externe STO

stopwords

Listes de mots fréquents pour le traitement du texte. Documentation externe STR

stringr

Manipulation de chaînes de caractères. Documentation externe TIB

tibble

Création et affichage de tableaux modernes dans R. Documentation externe TID

tidygeocoder

Géocodage d’adresses et de codes postaux. Documentation externe TID

tidyr

Restructuration de tableaux avec pivot_longer, pivot_wider et unnest. Documentation externe TID

tidytext

Traitement du texte sous forme de données tidy. Documentation externe

tidyverse

Écosystème central pour importer, transformer et visualiser des données. Documentation externe TIT

titanic

Jeu de données Titanic utilisé pour pratiquer les variables catégorielles. Documentation externe

ULA

UlavalSSD

Package de données et exemples utilisé dans les premiers modules du cours. Package du cours, installation GitHub

UNV

unvotes

Votes des Nations Unies pour pratiquer les jointures et les regroupements. Documentation externe VIR

viridis

Palettes de couleurs adaptées aux graphiques statistiques. Documentation externe WEA

weathercan

Ancien package de données météorologiques canadiennes; à vérifier avant de l’utiliser dans un nouveau travail. Page CRAN archivée WOR

wordcloud

Nuages de mots mentionnés dans le module 10. Documentation externe WOR

wordcloud2

Option mentionnée pour produire des nuages de mots interactifs. Documentation externe